光绪帝与慈禧太后在不到二十四小时内相继死去，而生前母子二人的关系又是那样的对立和微妙，不仅是清代历史上所未有的亦是中国历史上所罕见的。所以消息传出，中外震惊，各种评论和猜测亦随之而见。
近代的一些野史、小说和民间传闻、离奇古怪的猜测说法，在民间广为流传，以至相沿成习几成定论：“光绪皇帝是被下毒突然死亡的”。尤其是一位名叫屈桂庭的清末名医，在他写的《诊治光绪皇帝秘记》一书中披露：“光绪三十四年（公元1908年）十月十八日最后一次给光绪帝诊病时，现光绪帝本己逐渐好转的病情却突然恶化，在床上乱滚，大叫肚子痛。而且脸颊暗，舌头又黑又黄，这不是他所得之病的应有症状，三天后就崩逝了”。加之《清室外记》一书亦曰：“皇帝宾天之情形及其得病之由，外人无由详知……”更使光绪之死成了晚清历史上一大疑案。
清宫医案的确告诉人们，光绪是病死的。但是，从光绪死的那天开始，人们就怀疑他不是正常死亡，这也是事出有因的。
光绪元年正月二十日（１８７５年２月２５日），四岁的载湉在太和殿正式即位。从这一天起，光绪就被慈禧抓在手里，或当作争夺权利的利器，或作为显示威严的权杖，更多的情况下，则当作她御案上不可缺少的摆设，或是任意玩弄的木偶。这自然是慈禧专制政治的需要。入宫后的光绪，是在孤独中长大的，繁琐的宫中礼节，慈禧经常不断的严辞训斥，没有母爱，饮食寒暖没有人真心去细心照料，应倡导应禁忌之事，无人去指点揭示。
没有童年的欢乐，致使他从小就心情抑郁，精神不快，造成身体积弱，难以抵挡疾病的侵袭，留下了难以愈治的病根。天嘏在所著《满清野史》中称：人在幼年的时候，都受到父母的呵护，照顾其出行，料理其饮食，体慰其寒暖，既使是孤儿，也会得到亲朋好友的照顾。只有光绪皇上无人敢亲近。……皇上每日三餐，其饭食有数十种，摆满桌案，可离皇上稍远的饭食，大都已臭腐，接连数日不换。靠近皇上的饭食虽然并未臭腐，可经多次加热，已不能可口。……载湉自十余岁后，虽为天子，可还不如一个孤儿，以后身患痼疾，即是由于少年时衣食不节造成的。虽为野史，可内容与恽毓鼎的《崇陵传信录》所述：“缅怀先帝御宇不惟不久，幼而提携，长而禁制，终于损其天年。无母子之亲，无夫妇昆季之爱，无臣下侍从宴游暇愉之乐。平世齐民之福，且有胜于一人之尊者。”大致相近。说明光绪帝体弱多病之原因，实与自幼在慈禧太后淫威之下，失于调养照料有关。
由于光绪帝在政治上被慈禧所扼，是个十足的傀儡皇帝，而其生活及爱情遭遇亦是十分不幸的。“戉戌政変”后被幽禁于南海瀛台，行动不得自由。1900年8月14日“西巡”前，珍妃的惨死更使他失去了灵魂，象个木头人。不仅权力被剝夺，生命也全操纵在慈禧手中，因此人们怀疑光绪死于谋杀不是没道理的，其中一说：被毒死，更对凶手说法不一。
其一是袁世凯
袁世凯因“戉戌政変”告密有功，李鸿章病逝后接了他的班。但他深知因戉戌政変，光绪帝是对他切齿痛恨的，事实上光绪帝被幽禁之后，未尝一刻忘却袁世凱的叛卖。《庚子西狩丛谈》中记叙光绪离京逃往西安途中，每至一地，犹自“每与诸监坐地作玩耍，尤好于纸上画成大头、长身各式鬼形无数，仍拉杂扯碎之，有时画成一龟，于背上填写项城（袁世凯）姓名，粘之壁间，先以小竹弓向之射击，既复取下剪碎之，令片片作蝴蝶飞。盖其蓄恨于项城至深，几以以为常课。”时值将死之际，他不言不语地含着泪水，仍不忘用手指在空中划了“斩袁”两字。袁世凯深知慈禧先于光绪帝而死，自己就有可能被杀头。故以进药为名，暗中下毒将光绪害死，是极有可能的。宣统帝溥仪在《我的前半生》里写道：“我还听见一个叫李长安的老太监说起光绪帝之死的疑案。照他说，光绪帝在死前一天还是好好的，只是用了一剂药就坏了，后来才知道这剂药是袁世凱使人送来的。”然而，分析一下，尽管袁世凯有作案的动机，却至今尚未现有任何确凿的证据。因此尚不能指认袁世凱是凶手。
其二是李莲英、崔玉贵等太监
李莲英（1848-1911年）是深得慈禧宠信的总管太监，李莲英常于慈禧面前短谗光绪，且持宠一再凌辱光绪帝，他事实上，可称是“后党”的影子核心。光绪亲政后，李莲英秉承慈禧的旨意与那些后党官僚里应外合，布置亲信太监“监视光绪帝的言行”，然后向慈禧报告，在“戊戌政变”中立下了汗马功劳。政变后光绪被置于李莲英的严密监视之下，还往往制造谎言去告知慈禧，愈加加重了光绪帝对他的仇恨。
崔玉贵为慈禧的御前领太监，也是深得慈禧宠信的太监，他是残害珍妃的直接凶手。光绪帝对其恨不能生啖其肉，睡寢其皮，连珍妃的姐姐瑾妃亦对其深恶痛绝。因此他们怕慈禧死在光绪帝前，光绪重操权柄遭致杀头之祸，在慈禧死前先害死了光绪。然而，这一些记载，都是耳闻、猜测而非亲见，是不能作为直接的证据的。
其三是慈禧
谋杀光绪帝的凶手究竟存在与否？要说有的话只能是慈禧。因为只有在她主谋或默许下，光绪才能被害致死后又不被追究。袁世凯不可能明目长胆地在所进药品中惨毒。因为光绪痛恨袁世凯是无人不知的，这样做是自取弑君之罪，袁世凯不会做这样的蠢事；而李莲英、崔玉贵这样的领太监如没有慈禧的暗示、默许，亦不可能冒如此之大的风险，何况李莲英自知是个地位低下的奴才并没有忘乎所以。
１９８０年清西陵文物管理处在清理崇陵地宫时，现光绪遗体完整，体长一点六四米，无刃器伤痕。通过化验颈椎和头，也无中毒现象，与清史档案专家、医学专家的分析判断相吻合，应该说光绪属正常死亡的结论是正确的。至于为什么光绪偏偏比慈禧早死一天，我们姑且说这是偶然的巧合。
但根据末代皇孙启功所说：“我曾祖遇到的、最值得一提的是这样一件事：他在任礼部尚书时正赶上西太后(慈禧)和光绪皇帝先后“驾崩”。作为主管礼仪、祭祀之事的最高官员，在西太后临终前要昼夜守候在她下榻的乐寿堂外。其他在京的、够级别的大臣也不例外。大臣们都惶惶不可终日，就等着屋里一哭，外边好举哀丧。西太后得的是痢疾，所以从病危到弥留的时间拉得比较长。候的时间一长，大臣们都有些体力不支，便纷纷坐在台阶上，哪儿哪儿都是，情景非常狼狈。
就在宣布西太后临死前，我曾祖父看见一太监端着一个盖碗从乐寿堂出来，出于职责，就问这个太监端的是什么，太监答道：“是老佛爷赏给万岁爷的塌喇。”“塌喇”在满语中是酸奶的意思。当时光绪被软禁在中南海的瀛台，之前也从没听说过他有什么急症大病，隆裕皇后也始终在慈禧这边忙活。但送后不久，就由隆裕皇后的太监小德张(张兰德)向太医院正堂宣布光绪皇帝驾崩了。接着这边屋里才哭了起来，表明太后已死，整个乐寿堂跟着哭成一片，在我曾祖父参与主持下举行哀礼。
其实，谁也说不清西太后到底是什么时候怎么死的，也许她真的挺到光绪死后，也许早就死了，只是密不丧，只有等到宣布光绪死后才丧。这已成了千古疑案，查太医院的任何档案也不会有真实的记载。但光绪帝在死之前，西太后曾亲赐他一碗“塌喇”，确是我曾祖亲见亲问过的。这显然是一碗毒药。而那位太医院正堂姓张，后来我们家人有病还常请他来看，我们管他叫张大人。”
启功的话不可不信，于是历史就这样又陷入迷雾之中。